Sau khi nhà Mạc thành lập, một số đại thần nhà Lê không thần phục, muốn khôi phục lại nhà Lê. Anh em Trịnh Ngung, Trịnh Ngang sang Trung Quốc cầu viện nhà Minh nhưng nhà Minh không đáp ứng. Hai anh em chết già ở Trung Quốc. Năm 1529, tông thất nhà Lê là Lê Ý khởi binh chống Mạc nhưng không lâu sau bị dẹp tan.

Con vua Chiêu Tông

Từ năm 1529, một tướng của nhà Lê sơ là Nguyễn Kim chạy vào vùng núi Thanh Hóa rồi sang Ai Lao chống nhà Mạc. Đến năm 1533, Kim tìm được con vua Chiêu Tông là Lê Duy Ninh đưa lên ngôi tại Ai Lao, tức Lê Trang Tông. Các sử gia nghi ngờ tính xác thực của việc Ninh là con của Chiêu Tông vì hai cha con chênh nhau quá ít tuổi[3]. Nhà Mạc, trong biểu tâu nhà Minh còn nói Kim dựng con mình lên ngôi, xưng bừa là con của Chiêu Tông.

Dù sao, việc vua Lê được lập lại khiến một bộ phận nhân dân, sĩ phu theo về vì thiên hạ còn nhớ nhà Lê. Nguyễn Kim mang quân về nước đánh chiếm Thanh Hóa. Từ đó sử gọi nhà Mạc là Bắc triều và nhà Lê trung hưng là Nam triều.

Dòng dõi Lê Trừ

Năm 1545, Nguyễn Kim bị sát hại, con trai cả Nguyễn Uông lên thay, Nguyễn Uông bị em rể là Trịnh Kiểm hại rồi tiếm chức.

Năm 1548, Trang Tông mất, con là Trung Tông lên thay. Được 8 năm Trung Tông mất không con nối, dòng dõi Lê Thái Tổ (Lê Lợi) không còn con trai nối dõi. Trịnh Kiểm tìm một người tông thất là dòng dõi Lê Trừ (anh vua Thái Tổ) đưa lên ngôi, tức Lê Anh Tông. Từ đó về sau, các vua nhà Lê đều là con cháu của Anh Tông.

Năm 1570, Trịnh Kiểm chết, hai con Trịnh Cối, Trịnh Tùng tranh ngôi. Con lớn là Cối yếu thế sang hàng Mạc. Anh Tông muốn giành lại quyền lực từ tay Tùng nên mâu thuẫn với Tùng, chạy đi nơi khác. Tùng lập con út của vua lên ngôi, tức Lê Thế Tông và lùng bắt cha con vua mang về giết chết. Việc triều chính từ đó hoàn toàn do họ Trịnh quyết định không cần hỏi vua Lê (xem chi tiết bài Chúa Trịnh). Chiến tranh Lê-Mạc là trên danh nghĩa, thực ra là chiến tranh Trịnh-Mạc.

Nhờ tài năng của Trịnh Kiểm, Trịnh Tùng, quân nhà Lê dần dần thắng thế. Năm 1592, quân Nam triều chiếm được Thăng Long, họ Mạc bỏ chạy lên cát cứ ở Cao Bằng.